Setelah lulus dengan predikat siswa terbaik dari Sekolah Menengah Umum Negeri 1 Tangerang, dr. Rustandi melanjutkan pendidikan sarjana S1 bidang kedokteran hingga mendapatkan gelar Dokter Umum dari Universitas Indonesia pada tahun 1979, kemudian sambil terus melayani di bidang kesehatan masyarakat dan mengabdi pada Negara Kesatuan Republik Indonesia dalam Korps TNI-AD beliau meneruskan program pendidikan Dokter Spesialis Anak hingga mendapatkan gelar Dokter Spesialis Anak dari Universitas Diponegoro pada tahun 1992.